GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム

開放特許情報番号
L2012000529
開放特許情報登録日
2012/3/2
最新更新日
2012/3/2

基本情報

出願番号 特願2009-209184
出願日 2009/9/10
出願人 学校法人明治大学
公開番号 特開2011-060004
公開日 2011/3/24
登録番号 特許第4608698号
特許権者 学校法人明治大学
発明の名称 GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム
技術分野 情報・通信、食品・バイオ
機能 機械・部品の製造、制御・ソフトウェア、検査・検出
適用製品 GPIアンカー型タンパク質の判定装置、及び判定プログラム
目的 高感度且つ高選択的に検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定することが可能なGPI(glycosyl phosphatidy linositol)アンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラムを提供する。
効果 N末端側の疎水性及びC末端側の疎水性の高低と、新規のPSSM(position specific scoring matrix;位置特異的スコアリングマトリックス)とを用いているため、高感度且つ高選択的に検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定することができる。
技術概要
図1は、GPIアンカー型タンパク質判定装置の構成を示す概略ブロック図、図2は、GPIアンカー型タンパク質判定装置100の動作を示すフローチャート、である。スコア算出部114は、PSSM記憶部113が記憶するPSSMに基づいて、側鎖サイズ算出部112が算出した側鎖のサイズの平均が最小となるアミノ酸残基の位置を基準位置とする所定の領域におけるスコアを算出する。ここで算出するスコアは、配列取得部102が取得した検査対象となるタンパク質の所定の領域におけるアミノ酸残基の部分配列のアミノ酸出現傾向と既知のGPIアンカー型タンパク質の所定の領域におけるアミノ酸残基の部分配列のアミノ酸出現傾向との類似度を示すスコアである。スコア判定部115は、スコア算出部114が算出したスコアが、検査対象タンパク質と既知のGPIアンカー型タンパク質とが類似するか否かを判定するスコア判定閾値以上であるか否かを判定する。GPIアンカー型タンパク質判定部116は、配列取得部102が取得した検査対象となるタンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定する。
イメージ図
実施実績 【無】   
許諾実績 【無】   
特許権譲渡 【否】
特許権実施許諾 【可】

登録者情報

登録者名称 明治大学

その他の情報

関連特許
国内 【無】
国外 【無】   
Copyright © 2018 INPIT