糖鎖構造の予測方法及び予測プログラム

開放特許情報番号
L2011005012
開放特許情報登録日
2011/9/16
最新更新日
2013/1/21

基本情報

出願番号 特願2006-336632
出願日 2006/12/14
出願人 学校法人立命館
公開番号 特開2008-151514
公開日 2008/7/3
登録番号 特許第5130418号
特許権者 学校法人立命館
発明の名称 糖鎖構造の予測方法及び予測プログラム
技術分野 情報・通信、化学・薬品、食品・バイオ
機能 制御・ソフトウェア、検査・検出、その他
適用製品 糖脂質、糖タンパク質の糖鎖構造の予測。また、より一般の高分子を修飾する糖鎖に対しても適用可能。
目的 生命科学の分野では、ヒトゲノムのシーケンスデータが公開されたことに伴って、ポストゲノムシーケンス時代として、タンパク質および糖脂質の機能解析、構造解析、相互作用解析などを研究対象とするようになった。 生体内において糖鎖は、タンパク質および脂質と結合(糖鎖修飾)しており、これによりタンパク質および糖脂質本来の機能を発揮する。従って、糖タンパク質および糖脂質の機能の解明は、ゲノム創薬や再生医療等を実現するために不可欠である。 この発明は、分岐構造を含む糖鎖構造を自動的に予測することを目的とする。
効果 糖タンパク質や糖脂質を修飾する糖鎖を開裂して質量分析することによって得られるMS/MSデータを用いて、分岐を含む糖鎖構造を自動的に予測することができる。
技術概要
分析対象の試料を開裂して質量分析することによって得られるMS/MSデータを用いる糖鎖構造の予測方法は以下のステップを含む。 測定によって得られたMS/MSデータ中の所定のピークを基準として、ピークよりも質量が小さい所定範囲に存在する複数のピークを選択する第1ステップ。 選択された複数のピーク間の質量差を求め、質量差を用いて糖の質量の情報を含むデータベースを検索し、検出された複数の糖を接続して第1糖鎖を作成する第2ステップ。 第2ステップで作成された第1糖鎖が複数種類ある場合、第1糖鎖の各々に関して、非還元末端糖を削除して第2糖鎖を生成する第3ステップ。 同じ非還元末端糖を複数含む第2糖鎖に関して、還元末端に最も近い非還元末端糖のみを残し、その他の非還元末端糖を削除して、第3糖鎖を生成する第4ステップ。 第3糖鎖の各々において、非還元末端糖の非還元末端側に位置する糖を削除して第4糖鎖を生成する第5ステップ。 全ての第4糖鎖を対象として、還元末端糖から数えて同じ順位に位置する同じ糖の全てを1つのグループとする第6ステップ。
イメージ図
実施実績 【無】   
許諾実績 【無】   
特許権譲渡 【否】
特許権実施許諾 【可】

登録者情報

登録者名称 立命館大学

その他の情報

関連特許
国内 【無】
国外 【無】   
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