DNAマイクロアレイデータにおける欠陥を検出する方法

開放特許情報番号
L2010005347
開放特許情報登録日
2010/9/17
最新更新日
2013/2/18

基本情報

出願番号 特願2009-520720
出願日 2007/11/15
出願人 公立大学法人秋田県立大学
公開番号 WO2008/062855
公開日 2008/5/29
登録番号 特許第5147084号
特許権者 公立大学法人秋田県立大学
発明の名称 DNAマイクロアレイデータにおける欠陥を検出する方法
技術分野 情報・通信、化学・薬品、食品・バイオ
機能 検査・検出
適用製品 マイクロアレイ分析
目的 マイクロアレイデータは不均一なハイブリダイゼーションやダストコンタミネーションによって引き起こされる問題をしばしば含んでいる。分析精度の劣化や結果的なフォルスポジティブを防止するためには、分析に先立ってこのような問題を取り除く必要がある。
効果 この発明は、ハイブリダイゼーションの理想的な基準に対する各アレイの比較におけるセルデータの局所傾向として問題を見出す手法を追求する。データの標準化の前に、問題として認識された位置のセルはキャンセルされる。このキャンセルはアレイデータの元の分布に影響を与えない。なぜなら、キャンセルはシグナル強度に対して独立しているからである。結果として、残ったデータは分析に用いることができる。
技術概要
DNAマイクロアレイデータの各セル値と対応する基準データの各基準値との差の値を取得する。 DNAマイクロアレイデータの各セル値を前記差の値で置き換えることで疑似画像を取得する。 疑似画像における所定数のセルに対応する窓を用意する。 窓を疑似画像上で順次移動させながら各窓のメディアン値を計算して窓の代表値のセットを取得する。 棄却限界値を超える指標を有する1つあるいは複数の窓が検出される。 検出された窓のセルが廃棄される。 なお、この発明は、例えばmRNAレベルの測定やSNPsを発見することを含むヌクレオチドハイブリダイゼーションの検出のためのマイクロアレイ分析に用いることができる。
イメージ図
実施実績 【無】   
許諾実績 【無】   
特許権譲渡 【否】
特許権実施許諾 【可】

登録者情報

その他の情報

関連特許
国内 【無】
国外 【無】   
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