プライマーセット探索装置、プライマーセット探索方法およびプログラム

開放特許情報番号
L2010000066
開放特許情報登録日
2010/1/8
最新更新日
2011/4/22

基本情報

出願番号 特願2009-212703
出願日 2009/9/15
出願人 独立行政法人産業技術総合研究所
公開番号 特開2011-062085
公開日 2011/3/31
発明の名称 プライマーセット探索装置、プライマーセット探索方法およびプログラム
技術分野 食品・バイオ
機能 検査・検出
適用製品 プライマーセット探索装置
目的 非目的遺伝子群へのクロスハイブリダイゼーションが少なく、多くの目的遺伝子群をシークエンシングすることができるプライマーセットを探索する方法を提供する。
効果 ハイブリダイズする目的遺伝子の割合Ctと非目的遺伝子の割合Cnとに基づいて計算した評価値を用いてプライマーセットを探索するので、非目的遺伝子へのクロスハイブリダイゼーションが少なく、かつ、多くの目的遺伝子にハイブリダイズするプライマーの組み合わせを求めることができる。
技術概要
プライマーセットに含めるプライマーの候補と目的遺伝子および複数の非目的遺伝子とのハイブリダイゼーションの可否を求めてデータベースを生成するステップと、ランダムに初期のプライマーセットを生成するステップと、プライマーセットの一つのプライマーを別の複数のプライマー候補と交換したときに生成される複数のプライマーセットのそれぞれの評価値を、プライマーセットがハイブリダイズする目的遺伝子の割合Ctおよび非目的遺伝子の割合Cnに基づいて計算し、計算した評価値に基づいて確率的にプライマーセットを選択し、そのプライマーセットと評価値を記憶部に記憶する処理を繰り返し行う探索ステップとを備える、記憶部に記憶された複数のプライマーセットの中でその評価値が最も高かったプライマーセットを探索結果として出力するステップと、を備えるプライマーセット探索方法である。
実施実績 【無】   
許諾実績 【無】   
特許権譲渡 【否】
特許権実施許諾 【可】

登録者情報

その他の情報

関連特許
国内 【無】
国外 【無】   
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