遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム

開放特許情報番号
L2009000216
開放特許情報登録日
2009/1/16
最新更新日
2016/10/18

基本情報

出願番号 特願2007-066506
出願日 2007/3/15
出願人 独立行政法人放射線医学総合研究所
公開番号 特開2008-226095
公開日 2008/9/25
登録番号 特許第5213009号
特許権者 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
発明の名称 遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム
技術分野 生活・文化、食品・バイオ、情報・通信
機能 安全・福祉対策、検査・検出、制御・ソフトウェア
適用製品 遺伝子発現変動解析方法・システム並びにプログラム、転写産物由来cDNA断片の遺伝子発現プロファイル処理
目的 一般に、生成された遺伝子発現プロファイルにおける遺伝子の発現変動を、例えば、次世代遺伝子発現プロファイリング解析法においてプロファイルを選択PCR法等により分類したような場合、その測定結果の解析は、従来方法及びシステム等を使用しても、なおピークの分析作業の処理量が多く、また煩雑になってしまう場合があった。時系列や状態比較の実験では網羅性の高い観測手段であるが故のデータ解析上の困難性を有していた。この技術は、コンピュータハードウェア及びソフトウェア処理によって正確かつ迅速に解析する方法及びシステムを提供する。
効果 この遺伝子発現変動解析方法及びシステムによれば、遺伝子発現プロファイルの解析にさらなる改善をもたらすことが可能となる。次世代遺伝子発現プロファイリング解析法で収集したデータを蓄積しておき、かかるデータ同士や新たなデータとの効率的なデータ比較を可能とし、例えば医療分野において、癌などの疾病に関するマーカ候補の探索、毒性検査、創薬ターゲットの化合物のスクリーニング、マイクロアレイなど診断用にプローブ(標的)の見極め、あるいは摘出組織などからのタイピングを行って予後の投薬に反映する等における効果が期待できる。
技術概要
発現している遺伝子の転写産物の発現量とこの転写産物のピークサイズとの情報を入力した遺伝子発現プロファイルをコンピュータにおいて解析処理するための方法であって、転写産物の所定範囲位置における情報を波形データとして入力した遺伝子発現プロファイルを少なくとも二つ作成し、波形データに対して関数近似に基づくピーク情報補間抽出処理を行い、ピーク情報補間抽出処理を行った複数の波形データ間で波形補正処理に基づく波形補正を行って、少なくとも二つの遺伝子発現プロファイル間で各波形データのピーク同士を対応付ける波形ピーク対応付け処理を行った結果を1つの発現マトリクスとしてリスト出力することからなる。また、解析処理するための手段としてのシステム、解析処理するためのコンピュータプログラムを提供する。波形補正処理を行った複数の波形データ全てに対して、波形ピーク位置を射影して所定の条件のもとに最長距離法に基づくクラスタリングを行う波形対応付け処理を行い、対応付け処理を行った結果を、1つの発現マトリクスとしてリスト出力することができる。関数近似に基づくピーク情報の補間抽出処理はガウス関数に基づく近似である。
リサーチツールの分類 方法・プロセス、その他
有体物情報 その他/プログラム
イメージ図
実施実績 【無】   
許諾実績 【無】   
特許権譲渡 【否】
特許権実施許諾 【可】

登録者情報

その他の情報

関連特許
国内 【有】
国外 【無】   
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