タンパク質立体構造予測システム

開放特許情報番号
L2004008165
開放特許情報登録日
2004/9/17
最新更新日
2015/9/14

基本情報

出願番号 特願2003-406776
出願日 2003/12/5
出願人 独立行政法人産業技術総合研究所
公開番号 特開2004-220571
公開日 2004/8/5
登録番号 特許第4231922号
特許権者 国立研究開発法人産業技術総合研究所
発明の名称 タンパク質立体構造予測システム
技術分野 情報・通信、食品・バイオ、その他
機能 制御・ソフトウェア、その他
適用製品 タンパク質立体構造予測システム
目的 タンパク質の立体構造予測に好適に使用できる、タンパク質プロファイル行列間の類似性評価システムを提供する。
効果 タンパク質プロファイル行列間の類似性を簡便かつ精度よく評価することができ、本発明により得られたスコア行列は、タンパク質立体構造を予測するのに好適に使用される。
技術概要
本発明のタンパク質の立体構造予測システムは、タンパク質プロファイル行列間の類似性を評価するシステムであって、プロファイル行列は、関連する複数のタンパク質のアミノ酸配列を多重並置させたマルチプルアライメントにおいて、各アミノ酸残基位置におけるアミノ酸種毎の出現確率を備えたプロファイルカラムの群から構成され、(a)入力プロファイル行列と、対象プロファイル行列の2つのプロファイル行列を用意する手段と、(b)入力プロファイル行列の各プロファイルカラムと、対象プロファイル行列の各プロファイルカラムとの間の相関係数を、各プロファイルカラムの全部又は一部の組合せについて算出する手段と、(c)相関係数からなるスコア行列を作成する手段とを備える。図は本発明のプロファイル行列間類似性評価システムを含む処理手順の一例を示すフローチャートである。
実施実績 【無】   
許諾実績 【無】   
特許権譲渡 【否】
特許権実施許諾 【可】

アピール情報

導入メリット 【 】
改善効果1 タンパク質プロファイル行列間の類似性を簡便かつ精度よく評価することができ、本発明により得られたスコア行列は、タンパク質立体構造を予測するのに好適に使用される。
改善効果2 本発明では、アミノ酸残基の保存性が高い保存領域のような相関が高い領域では、高い類似性スコアが得られるため、保存領域の類似性を精度よく評価することができる。
改善効果3 スコア行列の各要素(類似性スコア)の平均値および標準偏差がほぼ一定値をとるため、類似性スコアに対する煩雑な正規化処理を施す必要がないというメリットもある。

登録者情報

その他の情報

関連特許
国内 【無】
国外 【無】   
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